近未来の日本で、 ネットやサイバー犯罪にあたるため結成された公安9課。 かつて「少佐」と呼ばれる草薙素子が、 課のエースであり現場の最高責任者であったが 素子が「2501」と呼ばれる電脳界きってのユニークなハッカーと 関わってネットの世界に拡散して…